CoIP是在IP實驗的基礎(chǔ)上進行的擴展，主要用于蛋白之間的互作研究。常被用于鑒定特定蛋白復合物中已知或未知的蛋白組分。其原理是基于抗體與抗原（靶蛋白）之間的特異性結(jié)合，此時如果樣品溶液中存在能與靶蛋白相互作用的目的蛋白，會一同被拉下來，隨后利用SDS-PAGE，Western Blot等方法對得到的目標蛋白進行分析，進而證明兩者間的相互作用。

CoIP可行性注意事項：

1.可能難以檢測到低親和力和瞬間結(jié)合的蛋白質(zhì)相互作用。

2.需要在實驗前已知能與A蛋白結(jié)合的目的蛋白B是什么，才能選擇合適的抗體保證用A蛋白抗體沉淀下來的蛋白復合物中能檢測到B。如果不確定與A結(jié)合的蛋白是什么，或者有多種蛋白與A結(jié)合時，可通過質(zhì)譜對沉淀產(chǎn)物進行后續(xù)鑒定來獲取未知蛋白質(zhì)的種類。

3.單純的實驗結(jié)果陽性并不能直接證明兩種蛋白之間存在直接結(jié)合作用，也可能存在其他蛋白在其中充當了橋梁。因此需要設(shè)計更完善的實驗方案，并進行正向與反向驗證，最終證明這一結(jié)果。

CoIP實驗注意事項：

1）細胞裂解采用溫和的裂解條件，不能破壞細胞內(nèi)存在的所有蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)相互作用，多采用非離子變性劑（Np40或Triton x-100)。每種細胞的裂解條件是不一樣的，通過經(jīng)驗確定；

2）使用明確的抗體，可以將幾種抗體共同使用；

3）使用對照抗體：單克隆抗體：正常小鼠的IgG或另一類單抗 ， 兔多克隆抗體：正常兔IgG；

4）確保共沉淀的蛋白是由所加入的抗體沉淀得到的，而并非外源非特異蛋白，單克隆抗體的使用有助于避免污染的發(fā)生；

5）要確保抗體的特異性，即在不表達抗原的細胞溶解物中添加抗體后不會引起共沉淀；

6）確定蛋白間的相互作用是發(fā)生在細胞中，而不是由于細胞的溶解才發(fā)生的，這需要進行蛋白質(zhì)的定位來確定。